Contudo, ainda no século XIV, as guerras fernandinas irão repercutir-se na zona do Baixo Mondego, sendo duramente atingidos os campos de Montemor, com as devastações, os roubos de alimentos e a destruição de bens.
A complementar esta situação de guerra, surgem os tumultos que têm lugar por altura do casamento de D. Fernando com D. Leonor Teles e que também se repercutem no termo de Montemor, com fortes abanões na já débil economia, então em período de recessão.
E, como se isto não chegasse, as invasões castelhanas não deixam de provocar estragos na zona, onde a margem esquerda do rio foi particularmente atingida.
O cenário complica-se ainda mais se tivermos em conta a recessão demográfica, causada diretamente pela Peste Negra de 1348, que assolou o país de norte a sul. A falta de gente é uma constante e, como tal, muitas terras ficam ao abandono. Ao prolongar-se esta situação, muitas culturas desaparecem e os matos avançam, especialmente nas terras de monte, menos férteis, portanto. Fala-se, então, em mortórios.
Marcas evidentes deste fenómeno, sobrevivências linguísticas que chegaram aos nossos dias, vamos encontrá-las também em Santo Varão. Ainda hoje as pessoas se referem a uma determinada área, precisamente situada não no campo, mas no monte, como “o mortório”  (ainda que, por deturpação linguística, alguns o designem por “nortório“).
Passado este período menos bom, um vasto movimento de recuperação estende-se por toda esta zona do Baixo Mondego. À medida que a pressão demográfica se ia instalando e com ela a necessidade de maior produção, de novo se reinicia o movimento de arroteamento, que fará alastrar de novo, a área cultivada.